После обновления Windows могут поменяться файлы, за которыми присматривает КриптоПро. Если такое произойдет — журнал системы заполняют ошибки. Маты крипты приводят к сбоям в работе системы. Лечим перепроверкой:

"c:\program files (x86)\Crypto Pro\CSP\cpverify" -rm

Можно попробовать добавить в планировщик заданий.